2000 yılında Gordon Freeman, MIT 'deki öğrenimini tamamlamış ve Black Mesa 'nın Anomalous Materials sektörüne atanmıştır. Dr. Breen bu sektörde yapılan deneyleri sabote eder ve Black Mesa içerisinde, Combine 'ın Xen 'deki kuvvetlerini yollayabileceği portallar açılır. Bu sırada, gizemli G-Man, Breen 'in sabotajını önleyememiştir ama hemen harakete geçip Amerikan Ordusunu Black Mesa 'ya sokar ve içerideki bütün uzaylıların ve olaya tanıklık eden araştırma ekibinin ortadan kaldırılması emrini verir. Bu sırada Gordon, yüzeye ulaşmak ve bilim adamlarının hayatlarını korumaya çalışmaktadır. Tabii başına neler geleceğini bilmeden...